La construction de l'espace européen d'enseignement supérieur (EEES) et les phénomènes socio- économiques constatés ces dernières années ont déclenché bon nombre d'impulsions qui génèrent des changements majeurs dans le pilotage des institutions en général, et des institutions d'enseignement supérieur et de recherche en particulier. Sous la pression du contexte changeant, nombreuses sont les universités européennes à avoir renforcé leur système de contrôle interne et à avoir tenté de mettre en place avec des degrés divers de formalisation et des intensités d'usage différentes des outils d'aide au pilotage le plus souvent issus du monde marchand. L'adaptation de ces outils à des institutions non marchandes et profondément attachées au principe de liberté académique ne manque pas de poser question(s). Nous proposons dans cet article d'explorer la transposabilité d'un instrument très connu d'aide au pilotage : le balanced scorecard (BSC dans notre texte). L'université exerçant plusieurs métiers au profit de plusieurs bénéficiaires et ses objectifs étant dès lors forcément multiples, l'utilisation du balanced scorecard nous semble particulièrement adaptée à cette polymorphie. Mais l'outil a aussi des limites et des travers qu'il convient de prendre en considération, c'est pourquoi nous souhaitons apporter un regard croisé fondé sur l'application du balanced scorecard et sa transposabilité à l'université. Des illustrations concrètes peuvent être apportées en s'inspirant des expériences conduites à l'UVHC et à l'UMONS.