Contributions to the study of the dynamics of biological systems and to computing systems in synthetic biology
type: Dataset
description: L'un des buts de la biologie des systèmes est, à l'aide de données expérimentales, de proposer un modèle si possible quantitatif, permettant d'inférer les causes microscopiques (interactions moléculaires) menant aux conséquences macroscopiques qui sont observées par expérimentation. Un tel modèle est dit explicatif. S'il est suffisamment complet, il peut être aussi prédictif, c'est-à-dire permettre de fournir des résultats qui seront confirmés par des expériences futures, et donc dans certaines limites permettre de faire des expériences in silico pertinentes. Une partie de mes travaux de recherche au cours des dix dernières années a été de réaliser un systéme de simulation intégré, HSIM, le plus complet possible, offrant à la fois une simplicité d'utilisation pour le modélisateur et un grand pouvoir d'expression permettant de prédire la dynamique de modèles issus de domaines très variés de la biologie. Le langage de description de HSIM permet de décrire de façon générique des modèles aussi divers que des réseaux métaboliques, des réseaux d'interaction géniques, ainsi que le couplage de ces deux types de réseaux; le mécanisme de réplication de l'ADN couplé à la transcription et la traduction des gènes pour étudier l'influence de la réplication sur la dynamique de réseaux d'interaction entre ces gènes; des modèles permettant de montrer des phénomènes d'auto-organisation spatiale et leur influence sur la dynamique globale du système, etc. En collaboration avec l'équipe de Franck Molina du laboratoire Sysdiag à Montpellier, je me suis intéressé à la conception et à la réalisation de bio-calculateurs artificiels utilisant des composants logiques implémentés à l'aide de réseaux métaboliques permettant de détecter les marqueurs d'une pathologie particulière (cancer colorectal, néphropathie diabétique) et de faire un calcul programmé pour fournir une réponse intégrée, par exemple sous forme colorimétrique. Des premiers résultats ont été obtenus lors la thèse de Stéphanie Ri…
issued: 2026-05-07T11:04:05.427667
language: fr
modified: 2026-05-07T11:04:05.427672
contact point: Organization
  fn: CCSD
keyword: biologie-de-synthese
keyword: biologie-des-systemes
keyword: habilitation-a-diriger-des-recherches
keyword: infoeu-reposemanticsother
keyword: infoinfo-bicomputer-science-csbioinformatics-q-bioqm
keyword: modelisation
keyword: modelling
keyword: sdvbibslife-sciences-q-bioquantitative-methods-q-bioqm
keyword: simulation-stochastique
keyword: stochastic-simulation
keyword: synthetic-biology
keyword: systems-biology
landing page: https://theses.hal.science/tel-00929785

Contributions to the study of the dynamics of biological systems and to computing systems in synthetic biology
type: Distribution
format: HTML
issued: 2026-05-07T11:04:05.429841
modified: 2026-05-07T11:04:05.413014
access URL: https://theses.hal.science/tel-00929785

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type: Agent